本发明提供了一种运行指标数据的处理方法及系统，采用本方案，按照指定时间粒度划分时间区间，每个时间区间都构建相应的存储方案，其中，根据历史的时间区间的存储方案及其对应的索引集构建新的存储方案。基于存储方案在指定数据库中创建包含至少一个索引的索引集，每个索引具有指定容量。在获取到待存储的运行指标数据时，按照待存储的运行指标数据的采集时间确定相应的存储方案，再将获取到的运行指标数据存储到所确定的存储方案对应的索引中。将运行指标数据进行分布化存储，提高查询运行指标数据的效率和时效性。