本发明公开了一种主动配电系统孤岛划分和自主运行方法及系统。本发明包括：在主动配电系统发生故障后，建立基于环路消除辐射状约束的主动配电系统的孤岛划分模型；建立基于小型水电站、燃气电站、储能系统、风电场与光伏电站的出力模型；根据孤岛划分模型和出力模型，构建考虑交流潮流与稳态安全约束的主动配电系统孤岛实时运行的自主运行模型；对所述的自主运行模型，采用计及预测误差的间歇性电源有功出力控制。本发明可以有效平衡配电孤岛内间歇性电源的出力波动，并可在相当程度内耐受分布式电源出力预测误差，且具有较高的求解效率，有利于实现所述主动配电系统恢复的在线决策。