本发明属于化学合成技术领域，具体涉及一种8‑氟‑5‑甲氧基‑2H‑[1,2,4]三唑并[4,3‑c]嘧啶‑3‑硫酮的合成方法，包括以下步骤：(1)5‑氟‑4‑肼基‑2‑甲氧基嘧啶溶于溶剂中，待用；(2)将双氧水置于储罐中，待用；(3)二硫化碳置于出储罐，待用；(4)在一定温度下，分别用隔膜计量泵将5‑氟‑4‑肼基‑2‑甲氧基嘧啶溶液和二硫化碳打入微通道反应器Ⅰ内，反应完成；(5)再用隔膜计量泵将双氧水打入微通道反应器Ⅱ内，氧化反应完成；(6)反应料液经离心机离心，得到8‑氟‑5‑甲氧基‑2H‑[1,2,4]三唑并[4,3‑c]嘧啶‑3‑硫酮溶液。本发明的方法操作步骤简单，危险性低，设备利用率高，可完全反应，产品的稳定性高，收率较高。