本发明涉及一种高压变频器单元通讯光纤通讯复合编码系统与方法，包括：多个集成变频单元、FPGA控制器、DSP处理器；所述多个集成变频单元分别与FPGA控制器通过光纤连接；所述FPGA控制器与DSP处理器通过总线连接；所述集成变频单元包括功率单元、控制单元；所述功率单元包括IGBT模块；所述控制单元包括MCU模块、CPLD模块；所述MCU模块与IGBT模块电连接，所述MCU模块用于采集非实时状态类数据和实时控制类数据，并发送给CPLD模块；所述CPLD模块与MCU模块电连接，所述CPLD模块用于把非实时状态类数据搬移到实时控制类数据上，获得复合数据。本发明通过集成变频单元直接把复合数据传输给FPGA控制器，提升了整个系统的工作效率。