本发明提供一种文件数据检测方法及系统，包括：将获取到的待检测数据进行初始化，得到初始化数据，确定是否接收到用户输入的与预设默认参数集合对应的参数修改指令，若未接收到，由预设默认参数集合中的各个默认参数，确定初始化数据中的第一目标数据，调用预设检测数据库中与第一目标数据对应的检测规则，对第一目标数据进行检测，若接收到，将与参数修改指令对应的各个默认参数进行修改，通过获得预设默认参数集合对应的目标参数集合，确定初始化数据中的第二目标数据，调用预设检测数据库中与第二目标数据对应的检测规则，对第二目标数据进行检测。本发明实施例提供的方法中，文件的生成方与接收方之间的沟通成本低，检测文件方式简便。