本发明提供了一种转录因子蛋白在DNA上的运动过程分析方法和装置。所述方法包括获取WRKY结构域蛋白在DNA双链上运动的全原子MD模拟轨迹作为初始路径；从初始路径中均匀提取出若干帧的WRKY结构域蛋白与DNA的构象作为第一构象；计算均方根距离以及旋转角度，利用K‑means算法对第一构象进行聚类，进行第一轮MD模拟，得到第二构象；利用K‑centers算法对第二构象进行聚类，在广泛空间中进行第二轮MD模拟，得到第三构象；构建马尔可夫态模型，对第二轮MD模拟轨迹进行分析。以此方式，可以在实验测量下直接观测到微秒和毫秒之间的蛋白在DNA碱基或纳米尺度上的运动，从而提供在实验或者直接模拟中无法得出的有效物理机制。