本发明公开了一种利用微藻原位改良盐碱地土壤的系统及方法，将微藻细胞液接种到所述池塘中，向池塘中输送污水，并在线监测池塘中的各营养物浓度，以对微藻进行培养；微藻培养周期结束后，将筛网抬起，并充分静置，将水分沥干，使微藻截留在筛网上；将筛网上的微藻刮下，投加至土壤中作为土壤改良剂。利用微藻进行原位盐碱地土壤修复，相比于传统农作物，微藻不仅繁殖速度快、生长周期短、在种植过程中易于管理，而且在生长过程中还会产生胞外分泌物从而提高土壤中的有机质，同时其优秀的渗透压和pH值的调节能力使其在盐碱地的治理和改良具有潜力。