本说明书实施例提供了支付处理方法及装置，其中，一种支付处理方法包括：接收针对目标机构的机构成员凭证开通的支付渠道的支付指令；所述支付指令携带有支付订单信息；基于所述机构成员凭证绑定的成员账户的账户可用信息和所述支付订单信息进行支付校验；在校验通过后，确定所述支付订单信息中记录的商户与所述目标机构的支付关系类型；若所述支付关系类型为协议支付类型，则根据所述目标机构的专用账户向所述商户进行协议支付；所述专用账户针对所述协议支付进行设置。