本发明公开了一种平原水网圩区‑圩外系统滞蓄关系优化方法及系统，该方法包括：根据历史水文、降雨数据识别场次降雨涨水期，建立典型历史情景集合并分类，模拟典型历史情景下河网水位、河网外排水量和圩内与圩外河网的槽蓄量；构建平原水网区蓄泄特征表征指标；建立区域蓄泄特征指标~水文要素的非线性关系；确定圩内、圩外单位面积滞蓄水量比的阈值；模拟预测实时情景圩区‑圩外系统滞蓄关系，并判断是否需要优化实时情景滞蓄关系；针对有优化需要的实时情景，完成实时情景圩区‑圩外系统滞蓄关系优化。本发明为自动模拟预测实时情景下水网区洪涝水的时空分配，判断并优化实时情景下水网区的滞蓄关系提供了可操作的方法和智能化系统，可指导水网区实时防洪调度。