本发明公开一种双梳状结构的自动化集装箱堆场边装卸系统及方法，本发明包括码头本体、集装箱船舶、前沿自动化装卸系统和集装箱堆场装卸系统，前沿自动化装卸系统包括前沿自动化装卸区和前沿特殊集装箱装卸区，前沿自动化装卸区和前沿特殊集装箱装卸区上设有岸边集装箱装卸桥。本发明在两堆场成组布置且配置单悬臂自动化轨道吊，在轨内设置港外集卡作业区及堆场海侧端部设置调头区的方式，实现港内外集装箱水平运输车辆直接进堆场进行装卸功能，并有效突破外集卡在堆场海侧端部设置调头区转弯半径限制及提高港外集卡转弯通行的效率，码头各功能区布置紧凑，自动化与非自动化区域间分界清晰，作业无干扰能耗低，堆场装卸灵活。