本发明涉及污水处理技术领域，具体涉及用于黑臭水体治理的微生物制剂及其制备方法；将混合菌放入培养皿中培养菌株发酵，得到种子液；将所述种子液与所述载体混合制粉，得到混合菌粉；将所述混合菌粉、所述粘合剂、所述崩解剂和所述助崩剂放入混合制粒，得到半成品颗粒；将所述半成品颗粒进行预处理，得到微生物颗粒，上述方法制备的微生物颗粒能够进行反硝化、氨氧化、聚磷、硫氧化等生化作用，有效去除底泥有机质、氨氮、硫化氢、甲硫醚、总磷等污染物类物质及恶臭气味，同时也避免了微生物颗粒在投放后扩散到上层水体中及随水流流动而流失，难以作用于黑臭水体污染底泥的问题。