本申请涉及一种建筑物屋顶防水系统及其施工方法，属于建筑物屋顶防水的技术领域。一种建筑物屋顶防水系统，包括贴附在建筑物屋顶表面的防水基层、设在建筑物屋顶边缘的导流机构、设在建筑物屋顶上的刮水机构和设在防水基层上远离导流机构一端的传感机构；所述刮水机构包括对称设在建筑物屋顶两个互相平行的围墙上的导轨、穿设在导轨内的螺杆、套设在螺杆上的连接块、两端分别与两个连接块卡接的刮板和驱动电机；所述连接块与导轨滑动连接；所述驱动电机的动力输出轴与螺杆相连；所述驱动电机与传感机构电性连接；所述刮板与防水基层抵接。本申请具有智能化程度高、防水效果好的优点。