本发明涉及一种物理灭活医疗器械消毒设备，包括消毒柜、承载板、柜门、消毒盒、集水箱、清洗装置、翻动装置、蒸汽产生装置、喷气头、控制系统；消毒柜的上部设置有排气口；柜门设置于消毒柜一侧；承载板横向设置于消毒柜内；消毒盒的上部为开口，消毒盒的设置于限位槽内；集水箱设置于消毒柜内，处于承载板下方；翻动装置与消毒盒相配合；清洗装置与消毒盒相配合；喷气头设置于消毒盒上方，喷气头向消毒盒方向倾斜，喷气头通过管道与蒸汽产生装置连通；控制系统与清洗装置、翻动装置、蒸汽产生装置连接。本发明通过设置翻动装置解决了如何对医疗器械进行全面消毒的技术问题。