本发明提供了一种电子油泵电机的缺相检测方法和系统，包括：基于双电阻采样，获取电子油泵电机的三相电流；判断三相电流的绝对值的和是否小于第一阈值；如果是，则确定电子油泵电机缺相；如果否，则基于电子油泵电机的当前工况，在预设对应关系表中确定第二阈值；预设对应关系表为电子油泵电机的工况与第二阈值之间的对应关系表；判断三相电流中的正电流之和的绝对值与负电流之和的绝对值的差值是否小于第二阈值；如果是，则确定电子油泵电机缺相。本发明缓解了现有技术中存在的在不同运行工况下固定阈值的诊断方法可能会失效的技术问题。