本发明公开了一种眼科医疗用消毒结构及便携式消毒装置，包括外箱，所述外箱的顶部活动安装有第一盖板，所述外箱的内部固定安装有侧板，所述侧板的一侧固定安装有第一消毒箱，第一消毒箱的内腔活动安装有翻转结构。本发明通过设有的翻转结构，在进行消毒时，将消毒液倒入第一消毒箱的内部后，通过驱动电机的启动，使得第一丝杠带动第一活动块在第一空槽的内部进行活动，之后转动杆带动第二活动块在第二丝杆和第二空槽的内部进行活动，之后通过压平块的旋转可以对第一消毒箱内部的医疗器械进行压平使得器械可以在第一消毒箱的内部充分杀菌，之后通过通气孔进行通气，使得起伏垫可以进行起伏，达到翻转的效果，可以有效的对器械消毒全面。