本发明公开了一种医疗垃圾物流的追踪系统，所述医疗垃圾物流跟踪系统包括：医疗垃圾箱，所述医疗垃圾箱设置有多个垃圾存放桶，用于收集存放不同分类的医疗垃圾；获取医疗垃圾投放时的标签信息，通过条码打印机打印相互关联的第一标签和第二标签，所述第一标签粘贴于医疗垃圾袋的外侧，第二标签粘贴于垃圾存放桶外侧。本发明的有益效果是：通过打印内容相互关联的两个标签，并将两个标签分别粘贴于具体的垃圾袋以及汇总垃圾袋的垃圾存放桶的外侧，通过在每个转运点扫描快速比对两个标签内容是否相关联，实现对垃圾袋的定点监控及追溯，防止在转运过程中因意外导致的垃圾袋丢失，进而导致需要专业处理的医疗垃圾无法得到有效监控。