本发明涉及生态修护技术领域，特别是涉及一种拦截农田面源污染的脱氮生物反应模块的制作方法，包括以下步骤：a、在农田、农田与溪流之间以及农田与河流之间选取特定区域面积作为施工区域；b、在施工区域施工作业并得到一个或一个以上的拦截坑；c、在b步骤中得到的拦截坑的底部平铺设置木屑碎并形成反应层；d、将施工作业得到拦截坑时挖出的土回填至拦截坑内并形成回填土层，且使得回填土层上表面与施工区域周边土层上表面保持平整。本发明具有能够更好的对农业面源污染物氮进行有效拦截，能够避免产生二次污染，能够避免对农业种植面积造成浪费的特点。