本发明提供一种荧光融合蛋白嵌合标记斑马鱼初级运动神经元的方法，涉及转基因技术领域，其中荧光融合蛋白嵌合标记斑马鱼初级运动神经元系统的建立方法，包含以下步骤：利用供体质粒p5E‑mnx1、pME‑EGFP‑α‑Tubulin、p3E‑polyA和骨架质粒pDestTol2pA2，通过LR重组反应获得组织特异性表达质粒pDest‑mnx1‑EGFP‑α‑Tubulin，并进行转化和质粒抽提；通过Tol2转座酶，将DNA片段mnx1‑EGFP‑α‑Tubulin插入具有AB遗传背景的斑马鱼的部分细胞基因组中，其中所述供体质粒p5E‑mnx1如序列表的序列1所示，EGFP如序列表的序列2所示，α‑Tubulin如序列表的序列3所示。从一个全新的角度建立一种微管‑荧光融合蛋白嵌合标记斑马鱼运动神经元系统，实现了单个运动神经元清晰标记。为探究运动神经元的发育和形态发生提供一个直观和快速的模型。