本发明公开了一种社区应急医疗舱及其配置优化方法，通过合理利用社区冗余空间，根据社区实际情况当前受疫情影响分析，结合防疫应急舱的性能指标和结构化变形配置能力，采用智能优化算法对适合当前社区的最优的应急舱配置方案进行寻优，获得包括应急舱规模、舱体功能配置、舱体内部格局配置、舱体在不同社区中的位置布置等多方面最优化配置方案。进而最及时的应对社区的紧急防疫需求制定防疫方案。这样的优化措施合理规划了不同区域不同社区内的舱体组合模式以及数量，在较大程度上避免了舱体的闲置，提升了实施可行性以及经济性。