本发明涉及一种脱酸加固抑菌复合功能保护剂及其制备方法与应用，制备方法包括：首先将二氧化硅、氧化铝、氢氧化钠、六亚甲基亚胺、水混合并进行水热反应，得到水热固体产物；再采用醇胺溶液对水热固体产物进行液体剥离，得到表面改性的二维纳米分子筛；最后将二维纳米分子筛与纤维素衍生物于溶液中混合，即得到脱酸加固抑菌复合功能保护剂。与现有技术相比，本发明中的保护剂制备方法简单，在纸质文物保护工作中易于实施操作，且具有脱酸、加固及抑菌等多重功能，具有较好的应用前景。