本发明涉及水轮发电机装配技术领域，为了解决现有技术中，在进行发电机转子抽芯穿心由于采用转子和定子同时吊起的方案增大了安全隐患的问题，提供了一种发电机转子抽芯穿心整体装配方法，包括以下步骤：拆除水轮机转动部分的所有零部件；拆除发电机的推力轴承前端的阻碍零部件；拆除推力轴承瓦、推力轴承座和推力盘，并固定好转动部分；拆除转动部分前方阻碍零部件；拆除转动部分大轴阻碍零部件；在转子两端装上吊转子工具，厂房行车起吊准备；向上顶起定子，同时行车向上吊起转子；开始转子抽芯，将发动机转子从水平方向移除定子；将转子完全从定子内孔中抽出并吊往检修间；检修间检查转动部分有无损坏，保证转子抽芯穿心逆过程。