提供了一种制冷站和冷链运输控制系统，其中制冷站包括：控制器、多个制冷设备、常温仓，其中每个制冷设备包括：充冷仓、收冷仓、控制模块；其中：所述常温仓用于存放多个常温的蓄冷板，所述充冷仓用于存放多个用于充冷的蓄冷板，所述收冷仓用于与从运输工具中回收的多个蓄冷板进行换热；所述控制器实现制冷站中的蓄冷板的制冷、测温、传动控制以及实时获取多个制冷设备中蓄冷板的情况；以及所述制冷设备中的控制模块根据控制逻辑对该制冷设备中的蓄冷板的充冷和收冷状态进行控制。根据本发明的方案，能够使得制冷站冷量可分割，可转移，得到灵活运用；能够使得冷量信息资源共享，提高冷链运输整体能效。