本发明提供一种船舶医疗手术台及其控制方法，该船舶医疗手术台包括依次垂直连接的安装支架、第一机械臂、第二机械臂及第三机械臂，第二机械臂能够在第二电机的控制下绕轴转动用以抵消船体沿垂直于艏艉方向的左右翻转摇晃，第三机械臂能够在第三电机的控制下绕轴转动用以抵消船体沿艏艉方向的前后翻转摇晃，第一机械臂能够在第一电机的控制下上下伸缩用以抵消船体沿竖直方向的上下晃动。整个姿态调整过程采用控制模块进行智能控制，从而在船体晃动时使医疗手术台保持静止。本发明的船舶医疗手术台，能够解决手术时船舶摇晃的问题，装置结构简单、使用方便，从而降低船舶上手术的风险，提高船舶的安全保障。