本发明涉及闸门流量测控技术领域，具体为一种基于感知控制系统的闸门流量测控方法，包括S1、使用测绘装置对灌溉区绘制图纸信息；S2、对灌溉区信息进行考查采集；S3、模拟闸门安装位置；S4、根据灌溉区信息进行模型搭建；S5、制定个性化方案，确定灌溉区域蓄水量最高临界值；S6、向灌溉区放水，开展试水工作；S7、判断测试结果是否与实验结果一致。本发明在灌溉区闸门流量测控过程中，对灌溉区详细地质信息和自然环境信息进行调查和采集检测，从而能够由针对性的对不同的灌溉区指定合适的方案，使指定出的闸门流量测控方法能够与当地自然环境相互匹配吻合，避免因环境变化而导致的闸门流量测控与实际使用不一致的情况发生。