本发明公开了草果及其废弃物在制备植物源除草剂中的应用。本发明中通过实验发现，草果废弃物，即经过二氯甲烷提取后的草果废弃果实、草果的废弃茎以及废弃叶片具有显著抑制浮萍属植物生长的作用，且对稗草生长也具有一定的抑制作用，因此可以将草果废弃物应用于植物源除草剂方面，从而防治水稻田的浮萍暴发、抑制农田杂草生长，实现草果废弃物的二次利用。此外，本发明中还发现，该草果废弃物可以显著增加水稻的千粒重和降低水稻的空穗率，以及可以显著降低水稻根际土壤细菌与真菌群落的丰富度，因此可将其可用于水稻增产或降低土壤细菌与真菌群落丰度方面。