本发明提供一种船舶变频泵冷却系统及其控制方法，包括：冷却管道，设有引水口和出水口；热交换设备，设置在冷却管道上；变频泵和流量计，均设置在冷却管道中，用于调整和检测冷却水的实际流量；控制子系统，与变频泵和流量计电性连接。本发明提供的船舶变频泵冷却系统，通过在冷却管道中设置变频泵控制冷却水的实际流量，利用控制子系统获取船舶的实际航速和冷却水的流量需求，将实际航速与预设数据集合进行匹配，确定最接近实际航速的航速工况；基于航速工况，在保证循环流量达到流量需求的前提下，确定变频泵所对应的转速集合，控制变频泵的转速，使得变频泵既能满足船舶热源设备的总体冷却需求，又能以较低的功率运行以兼顾节能目标。