本发明属于燃料电池技术领域，具体涉及一种燃料电池系统排水装置及方法。其技术方案为：一种燃料电池系统排水装置，包括气水分离器，气水分离器包括相互连通的气水分离腔和储水腔，储水腔的底部设置有出水口，储水腔的出水口处连接有排水阀，排水阀的另一端连接有孔板，孔板的另一端连接有排水管。一种燃料电池系统排水方法，包括以下步骤：S1：用气水分离器对电堆阳极出口流体中的氢气和水进行分离；S2：燃料电池高功率时，将排水阀常开；燃料电池低功率时，将排水阀置于常闭状态且周期性地开启；S3：经过排水阀的水由孔板排出到排水管。本发明提供了一种可将分离出的水及时有效地排出且防止氢气排出的燃料电池系统排水装置及方法。