本发明公开了一种飞轮内孔加工调节定位方法及飞轮轴孔加工装夹系统，飞轮内孔加工调节定位方法包括：测量每组装夹组件的顶部与其底部之间的距离，设定每组装夹组件的组号为1、2...n，每次测量的距离为di1、di2...din，初始距离时i＝0；选择最小距离值d＝min(di1，di2...din)，以此作为基准值；计算每组的距离差值∣d‑di1∣，∣d‑di2∣...∣d‑din∣，并根据距离差值控制各个顶部下移，直至各顶部均无法下移或各距离差值均小于等于预设差值，则停止各顶部的下移；若飞轮位置变动，则返回至测量每组装夹组件的顶部与其底部之间的距离的步骤。通过使用本发明所提供的飞轮内孔加工调节定位方法，可有效提高飞轮的装夹效率和加工精度。