本发明公开了一种流域尺度的旱地作物施用农药水生态综合风险评估方法，包括以下步骤：暴露场景与暴露模拟平台的整合、农药品清单筛选、农药暴露风险评估、效应评估、风险表征、农药品种筛选方法等。该评估方法具体通过收集试验场景内的作物、土壤等多项参数，并应用PRAESS暴露模拟平台进行旱地作物—地表水模型的构建，并选择场景内种植的不同作物上登记使用常用农药进行水生态综合风险评估，预测这些农药在作物上使用后对水生生物的风险，应用综合生态风险指数，筛选得到流域重点关注农药品种清单，对流域内重点关注的农药品种在不同作物上使用后对水生生物的影响具有指导性的建议，可进一步开展实际监测，明确这些农药在使用后对地表水的污染风险。