本申请公开了一种全自动连续流透析系统,其包括工作箱，所述工作箱的顶面设有工作台；安装于所述工作台上的储液池；设置于所述储液池内的透析袋固定架；设置在所述透析袋固定架上用于夹持透析袋的夹子的夹持装置，位于所述夹持装置上的透析袋交错分布；设置在所述储液池的回流装置，所述回流装置的进液端位于储液池的一侧，所述回流装置的出液端相对于回流装置的进液端设置；设置在所述储液池的进出液装置；以及设置在所述工作箱内用于带动透析袋固定架往复升降的升降装置。本申请利用循环流动的方式，减少了搅拌装置的使用，使透析袋漂浮在透析液内，促使透析袋在透析过程中更加稳定，保证了透析试验结果，并且提高了透析效率。