一种控制对冲燃烧锅炉两侧燃烧偏差的风箱结构及方法，风箱结构包括设置在前墙和后墙上的燃烧器风箱，并且一层燃烧器对应布置一层燃烧器风箱，每层燃烧器设置在对应层燃烧器风箱的内部；燃烧器包括煤粉燃烧器和燃尽风燃烧器；每层燃烧器风箱的内部均设置有竖直隔板，所述竖直隔板两侧的燃烧器风箱内部所布置的煤粉燃烧器或者燃尽风燃烧器数量相同。控制方法包括当两侧的运行氧量偏差大于阈值时，增大氧量偏低一侧的燃烧器风箱的进风量；当炉膛出口烟温偏差大于阈值或屏式过热器出口两侧汽温偏差大于阈值时，通过增大一侧燃烧器风箱的进风量或减小另一侧燃烧器风箱的进风量。本发明能够匹配炉膛两侧燃烧器的入炉煤粉量差异，减小两侧的汽温偏差。