本发明涉及水质综合分析仪的校准技术领域，尤其涉及一种水质综合分析仪的校准装置及其校准方法。所述水质综合分析仪的校准装置及其校准方法包括：底板基箱、移动机构、清理机构和基垫，所述底板的下表面四角均固定安装有支撑柱，所述基箱固定安装在底板的上表面一端，所述基箱的一侧安装有检测本体，所述检测本体的一侧设有按键盘，且按键盘固定安装在基箱的一侧。本发明提供的水质综合分析仪的校准装置及其校准方法的结构简单、操作便捷，可以通过设备上设有的移动机构实现对检测本体的检测端进行自动化移动，再配合清理机构对检测本体的输出端进行清理，便于增加设备的校准精度，此设备的实用性较高。