本发明涉及一种基于辅助学习任务与重分割约束的医学图像分割方法，该方法包括下列顺序的步骤：(1)对三维人脑核磁共振数据进行预处理，得到训练集和测试集；(2)构建基于辅助学习任务与重分割约束的分割网络；(3)将训练集输入分割网络进行训练,得到训练好的分割网络；(4)将测试集输入训练好的分割网络，分割网络输出得到分割结果。本发明通过额外的图像重建任务分支的引入，有助于分割网络学习到互补的医学图像特征，从而帮助模型更好地理解医学图像的内在结构；将重建结果再次输入到分割网络中，将得到的重分割结果与真实分割图比较，从语义层面为分割网络的训练提供额外的监督信号，以进一步提升图像分割结果的准确性。