本发明属于智能控制的领域，尤其涉及一种智能马桶控制系统以及具有该控制系统的智能马桶。包括以下控制模式；a、无菌消毒模式；b、灯光模式；c、泡沫防溅模式；d、臀洗模式；e、水温调节；f、脚踏模式；还包括用户自定义模式。其在增加无菌消毒模式、灯光模式、泡沫防溅模式、臀洗模式、水温调节、脚踏模式的同时，还增加了用户自定义模式，使用者可进入用户自定义模式来设置对应的功能模式以及对应的参数，并且进行存储，这样在使用者使用时，只需对应一键即可实现个性化的功能，这样极大的提高马桶的智能化。