本发明公开了一种水产养殖清底除污系统，包括导轨以及可沿着导轨的长度方向水平运动的传导机构，所述导轨的两侧分别设置有第一滑架与第二滑架，所述传导机构的下方设置有用于对养殖池内污水进行净化处理的净化装置，所述净化装置的下方设置有用于对养殖池内污泥进行清理的排污装置，可通过调节导轨两侧第一滑架与第二滑架的支撑高度，使得传导机构上的排污装置与净化装置悬空在养殖池中的适当位置，使得排污装置的污泥吸取口位于池内污泥层，而净化装置的进水口处于池内液面以下，并通过排污装置将养殖池底部污泥抽吸并排出，由净化装置将养殖池内污水抽吸并净化后返排入养殖池内，实现污泥与污水的同步清理，提高工作效率。