本发明公开了一种消化内科用胃镜清洗系统，包括防护箱体，所述防护箱体外壁设有用于控制工作的PLC控制器，所述防护箱体上侧内部设有用于安装工作的支撑隔板，通过PLC控制器控制摆动输入机构工作，使得摆动输入机构中的圆弧插管自动插入灌洗机构中的J字形管内部，使得灌洗机构可以自动地分别对胃镜的内壁进行充气监测工作和清洗工作，摆动输入机构在工作时，就会带动清洗机构摆动，调节清洗机构的角度，使得清洗机构清洗胃镜外壁，提高清洗效率，同时，移动式输入装置中的两个环形接触块就会分别与两个环形接触开关接触，控制紫外线消毒灯工作，使得紫外线消毒灯可以自动对清洗后的胃镜进行消毒杀菌工作，提高工作效率，降低工作量。