本发明提供了一种燃料电池双极板的密封结构，所述密封结构包括依次层叠设置的双极板、密封件和膜电极，所述双极板在贴近密封件的一侧中部开设有至少两个凹槽，所述凹槽之间设置有凸出部，使得所述凹槽组成w型结构，所述凸出部对接密封件的凹陷部，所述密封件为n型结构。在本发明中，采用双极板表面w型和密封件n型的密封结构，使得密封件定位准确，压装后形成多个密封面结构，增强了双极板密封结构的密封性，且增强了双极板凹槽本身的机械强度，适用于多种材料的双极板结构和多种材料的密封件，通用型强，且该密封结构对双极板和密封件的批量化储运无特殊要求，操作方便。