本发明公开了一种基于儿童呼吸气体的疾病检测系统及方法，涉及呼气检测技术领域。系统包括服务器和呼气采集检测设备(以下称设备)，设备测量呼出气体和待采集气体的温度和湿度，分别作为第一气体参数和第二气体参数发送给服务器；以使服务器生成第一控制指令和第二控制指令；设备根据第一控制指令调整设备的温度，得到待采集气体，设备根据第二控制指令调整设备的温度，以采集待采集气体中的待检测样本；检测待检测样本中多种目标化合物的含量，作为检测结果发送给服务器；服务器针对每一种目标化合物的含量进行告警。通过调整设备的温度，降低呼出气体中水蒸气的含量，进而提高呼出气体采集的效率，缩短采集时间，保证检测结果的精确度。