本发明公开了一种绿色建筑屋顶系统，包括外壳和种植槽，所述种植槽设置在外壳开口处的底壁，所述挡板通过转轴转动安装在外壳顶部的开口处，并且转轴的端头处通过连接机构和横轴相连，所述横轴与安装在外壳内部的电动机输出端相连，所述电动机通过横轴与连接机构带动转轴与挡板转动，通过使挡板转动至水平状态、用于在阴雨天气遮挡绿植，且挡板的上端面还设置有光伏板。该绿色建筑屋顶系统，在绿植上方设置可翻转的挡板结构，能够在阴雨天气时转动关闭、避免雨水冲击力对绿植造成损伤，同时光伏板以及补光机构的设置，能够在晴天时有效地利用光能，同时补光机构能够使绿植中的背光面也能够被充分的补光，更加的节能环保。