本发明属于关务管理技术领域，具体公开一种基于数据分析的关务智能管理系统，包括海关注册登记电子申请提交模块、目标申请智能初步审核模块、目标申请深度审核判断模块、目标申请智能深度审核模块、海关权限数据库、初步审核决定数据库、申请文件数据库、审核意见参考报告自动生成模块和人工参照审批模块，报关企业通过注册登录该企业所在地直属海关的报关企业智能注册登记平台进行申请材料提交，平台对申请材料分别进行智能初步审核、深度审核判断和智能深度审核，进而根据审核结果自动生成审核意见参考报告，由审核人员参照审核意见参考报告做出是否准予注册登记的审批，实现了海关注册登记的自动智能化审核。