本发明提供了一种医疗文本编码方法、装置、设备及可读存储介质，所述方法包括：获取第一文档集合；基于临床文档，利用词嵌入技术生成词嵌入矩阵；基于临床文档、词嵌入矩阵和卷积神经网络得到上层序列向量；基于上层序列向量和词嵌入矩阵得到每个临床文档所对应的句子向量；基于每个临床文档所对应的句子向量得到初步的分类器；基于第一文档集合和临床文档所对应的句子向量得到最终的分类器，使用最终的分类器对临床文档进行ICD编码。本发明关注了罕见疾病编码，提高了编码员对罕见病的重视。并且本发明能够自动抽取特征，不依赖手工特征，对不同医生的书写风格进行了缓和，可以减少研究时间和减少匹配错误。