本发明公开了一种双塔结构的醋酸乙酯清洁生产系统及生产工艺，整个生产系统主要由一座反应精馏主塔、一座反应精馏副塔、一个离子液体脱水单元和一个离子液体催化剂的在线更新单元组成，其特点是以在离子液体为催化剂的反应精馏主塔醋酸过量以及反应精馏副塔的90‑100％乙醇过量的情况下实现主塔塔顶醋酸乙酯浓度达到98％以上。来自反应精馏副塔塔釜的离子液体水溶液经过脱水单元脱水后进入离子液体在线更新单元再生后返回反应精馏主塔循环利用。本发明工艺过程中间物料循环量低、VOC排放少、能耗低、反应效率高，是一种醋酸乙酯生产绿色新工艺。