本发明公开了一种基于费控的智能回单获取方法和系统，所述方法包括如下步骤通过RPC协议调用支付服务，生成对应资金平台的支付单；根据支付渠道和支付方式将所述支付单推送给对应平台并完成支付；通过elastic job分布式调度任务查询多个资金平台的支付单，并生成对应资金平台的多个回单源文件；根据所述多个回单源文件生成key值，将所述key值关联到费控系统的对应费控单据中。所述方法和系统将用户自身的费控系统和多个资金平台之间相互对接，从而可以实现费控单据和多渠道电子回单的关联，在查询费控单据时可以迅速查到到对应的支付数据，提高费控查询和支付查询的效率。