本发明涉及一种微生物菌肥的生产系统及方法，包括固定安装在支架顶部的碎料桶，所述的碎料桶的底部与混料消毒装置的顶部相连通，混料消毒装置的底部与落料混合装置相连通，在混料消毒搅拌轴内侧的混料消毒仓内环壁上固定安装有蒸汽热风喷嘴，蒸汽热风喷嘴通过蒸汽输送管道与安装在混料搅拌电机下方的热风蒸汽发生仓相连通，热风蒸汽发生仓的下方与落料混合装置相连接；产品的混料消毒桶集合了混合均匀以及消毒和烘干的多种功能，达到很好的消毒和烘干效果，在和菌液接触的同时保证物料的清洁度，对最终菌肥质量起到至关重要的因素。