本发明涉及一种粪菌移植装置，其包括粪菌胶囊和用于伸入体内的输送结构；所述输送结构包括外套管、输送管，以及与输送管内部匹配使用的操作组件；所述输送管位于外套管内部，所述操作组件位于输送管内部；所述输送管包括位于第一端的推送段，移动段和位于第二端的操作段，所述推送段设置第一管腔，在所述移动段和操作段设置第二管腔，第二管腔与第一管腔连通；所述操作组件通过第二管腔在输送管内发生有效移动；在所述第一管腔内部容纳所述粪菌胶囊；通过此种方式先将外套管伸入到体内指定位置，再将粪菌胶囊放置在输送管的推送段，使得操作组件和输送管发生相对移动，将粪菌胶囊输送到病人体内指定位置，保证治疗效果。