本申请公开一种集装箱电子锁结构包括底座、平行相对设置于底座上的两个中空的外锁杆、两个内锁杆、用于夹紧集装箱的箱门上的两个相对设置的门杆以关闭箱门的两个夹板、设置于底座上且位于两个内锁杆之间的控制组件以及设置于底座上且与控制组件连接的驱动组件，每一内锁杆设有多个锯齿结构的齿条，每一内锁杆的一端可往返滑动连接一外锁杆的内部。其中一个夹板固定连接两个内锁杆，另一夹板固定连接两个外锁杆。控制组件与每一内锁杆的齿条齿连接。驱动组件用于驱动控制组件运动使得控制组件控制每一内锁杆单向滑动或双向往返滑动，当内锁杆单向滑动时，两个夹板逐步靠近以夹紧相对设置的门杆。本申请还提供一种电子锁结构关锁方法。