一种基于处方流转的信息安全保护系统，包括验证模块、处方输入模块、秘钥对生成模块、加密模块、取药码生成模块、存储模块、通信模块；验证模块用于根据用户数据验证用户类别；处方输入模块用于医生输入处方信息并进行CA电子签名；秘钥对生成模块用于生成非对称秘钥对，非对称秘钥对包括私钥和公钥；加密模块用于根据私钥对处方信息进行加密处理；取药码生成模块用于生成患者取药码；存储模块用于根据公钥将处方信息中的患者信息和药品信息进行拆分和独立存储；通信模块用于数据通信。本发明将患者个人信息和药品信息分开存储，药房和取药终端不会获得患者个人信息，且取药码采用动态加密，更保证了整个取药过程信息的安全性。