本发明公开了一种生物有机硒蚯蚓硒及其制备方法。该方法旨在解决现有生物硒产品有机硒占比低、安全性差、功能单一、生产工艺复杂且周期长等缺陷，以及传统的富硒蚯蚓养殖制备蚯蚓硒周期长、效率低的难题。本发明的步骤为：在蚯蚓中加入1500mg/kg～2000mg/kg亚硒酸钠水溶液，然后通过蚯蚓酶进行酶解，制得蚯蚓硒初产品，之后再次加入500mg/kg～1000mg/kg亚硒酸钠水溶液，制得蚯蚓硒中产品，然后加入蚯蚓酶解液，得到蚯蚓硒终产品。本发明研制的生物有机硒蚯蚓硒，生产周期短、简便，总硒含量大于100mg/kg，其中有机硒含量大于80mg/kg，通过蚯蚓酶解制备蚯蚓硒，最快可21h即可获得初产品，适应大规模标准化生产。