本发明属于动、植物油脂精制技术领域，具体涉及一种加氢生产烷基生物燃料的方法及装置。本发明的技术人员经过研究发现，导致催化剂失活，催化剂床层压降上涨的主要原因不仅与加氢脱氧过程产生的水有关，还与原料油中的金属杂质和粘稠组分有关，因此，本发明提供的方法通过在加氢反应前对原料油脂进行过滤除杂，特定强度和孔径范围的过滤介质结合特定的处理温度，能够将原料中的金属杂质和粘稠组分预先通过吸附、过滤去除，后续仅通过一步加氢即可脱除原料中的氧和其它杂质，同时能够有效避免加氢反应步骤中催化剂结焦、孔道堵塞、失活等，减缓了催化剂床层的压降上涨，有利于系统保持长期稳定运行。