本发明公开了一种水电工程深厚强透水地基上混凝土建筑物基础的施工方法，通过基坑开挖至建基面以下1.0m～1.2m，在基础之外合适位置设置集水坑降水，回填级配碎石至建基面，级配碎石中埋置水平和环向排水管排水，在碎石地基上浇注混凝土建筑物基础及上部结构，基础底板内预埋灌浆管预留堵头，完成建筑物主体工程施工后，采用开挖料对建筑物周边基坑回填，通过预留灌浆孔对级配碎石层进行固结灌浆，完成地基处理。有效地解决了深厚强透水地基上混凝土建筑物施工时防渗、降水措施费用高、难度大等问题，保证了工程质量和安全，不仅快速可靠、并且经济简单，适用于水利水电工程深厚强透水地基上混凝土建筑物的施工。